Estas cosas no las sabes hasta que te pasan. En un sistema linux cuando copiamos un directorio con subdirectorios dentro de él y además contiene archivos que son enlaces duros, si realizamos el típico "cp -R" o mejor un "cp -a", no nos funcionará correctamente.

Si no sabes que es un enlace duro entonces esto no te sirve para nada (o man ls para averiguarlo), si los usas y alguna vez vas a copiar directorios que puedan contenerlos, usa este comando y arreglado (yo ya me he hecho un alias ;D)

$ cd dir_a_copiar

$ find . -depth -print0 | cpio --null --sparse -pvd /a_donde_lo_copio/